Die Qualität der bayerischen Gewässer wird von den Wasserwirtschaftsämtern regelmäßig nach verschiedenen Kriterien untersucht.

Eine wichtige Rolle spielt dabei die Belastung mit anorganischen Nährstoffen (Trophie) und bei Fließgewässern vor allem auch die Belastung mit organischen Nährstoffen (Saprobie). Die Wertigkeit eines Fließgewässers wird in der sogenannten Gewässergüteklasse nach dem Saprobienindex ausgedrückt. Sie reicht von I (unbelastet bis sehr gering belastet) bis IV (übermäßig verschmutzt).

Nach diesem Schema wird die Sinn im Landkreis Bad Kissingen meist mit der Güteklasse II (mäßig belastet) eingestuft, im Landkreis Main-Spessart mit der Güteklasse II-III (kritisch belastet) (Gewässergütekarte Bayern im pdf-Format) Dies erscheint im bayernweiten Durchschnitt nicht gerade schlecht, es gibt allerdings zu denken, daß die Schondra -ebenfalls Landkreis Bad Kissingen- bei ähnlichen geologischen und klimatischen Verhältnissen über weite Strecken die Güteklasse I (unbelastet bis sehr gering belastet) aufweist.

Die Nährstoffe, die die Gewässer belasten und deren Qualität verschlechtern, stammen im Wesentlichen aus Siedlungsabwässern und aus der Landwirtschaft.

Die Schondra fließt durch größere Waldgebiete, wo beide Nährstoffquellen keine Rolle spielen - daher die gute Wasserqualität.

Wo könnte man nun ansetzen, um an der Sinn die Belastung mit Nährstoffen zu mindern?

Das Hauptproblem stellen sicherlich Undichtigkeiten im Kanalsystem dar. Diese fallen zunächst durch den Fremdwasseranteil auf, der unnötigerweise auf die Kläranlagen zukommt. Es handelt sich hierbei um Grundwasser, das durch Leckstellen in die Kanalisation eindringt (Manche Gemeinden haben bis zu 60% Fremdwasser!). Liegt der Grundwasserspiegel tiefer als die Leckstelle, tritt Abwasser aus dem Kanalsystem aus und belastet Grund- und Oberflächengewässer. Die Gemeinden sind verpflichtet, das Kanalsystem regelmäßig auf Defekte zu überprüfen und es gegebenenfalls instandzusetzen.

Weitere Brennpunkte sind Regenüberläufe, aus denen bei starken Regenfällen das Abwasser unter Umgehung der überlasteten Kläranlage direkt in den Vorfluter (hier die Sinn) geleitet wird. Um dies weitgehend zu minimieren, werden heute vielerorts sogenannte Regenrückhaltebecken gebaut. Einfacher und billiger ist es oft, Niederschlagswasser gar nicht erst in die Kanalisation einzuleiten, sondern es zu versickern, oder in Zisternen zu speichern und es anderweitig zu verwenden.

Während in weiten Gegenden Bayerns der Einsatz von Kunstdünger die Gewässer mit Nitrat und Phosphat belastet, dürfte dies im Sinntal keine große Rolle spielen.

Schwieriger ist es beim Umgang mit Festmist, Jauche und Gülle. Lagerung und Verwendung der Wirtschaftsdünger werden durch zahlreiche Vorschriften geregelt, hin und wieder werden sie jedoch nicht eingehalten.